SciREXの研究活動として、基盤的研究・人材育成拠点における研究が第１期～第３期を通じて行われてきました。また、公募型研究開発プログラムが第１期～第３期を通じて行われました。

ここでは、基盤的研究・人材育成拠点（SciREXセンター含む）の主な研究活動について説明します。第１期中期の2013年度には文部科学省の委託により「政策形成実践プログラム」が行われ、政策研究大学院大学が受託しました（参照：「平成25年度文部科学省委託調査研究「科学技術イノベーション政策における『政策のための科学』の推進に向けた試行的実験」報告書」, GRIPS, 2014.）。これが、以降の中核的拠点機能の拡充／SciREXセンターの設置（2014年8月）へとつながりました。2014年度からはSciREXセンターで3領域（政策デザイン領域、政策分析・影響評価領域、政策形成プロセス実践領域）で研究が行われました。

SciREX第２期の2016年度からは「重点課題に基づく研究プロジェクト」が行われました。これは、第１期の中間評価において、各拠点や関係機関等の更なる連携強化や、生きた政策課題に積極的に取り組む必要性などが指摘されたことへの対応になります（なお、SciREXセンターの3領域研究も重点課題に基づくプロジェクトとして行われました）。2019年度からは「共進化実現プロジェクト」（後に「共進化実現プログラム・第１フェーズ」と呼ばれる）が開始されました。これは、「重点課題に基づく研究プロジェクト」において、各研究プロジェクトと行政官が、継続的に対話・協働し、研究と具体的な政策への反映を共に模索し続ける関係性構築が難しかったとの認識から、開始されたものです。従来の研究プロジェクトは政策課題の粒度が大きすぎたとの反省から、文部科学省の課室単位で対応できる課題を対象として、政策研究者と行政官との間で十分な議論のもと検討し、新たな重点課題としました。同プロジェクトは、研究プロジェクトの作り込み・開始の時点で、行政側も研究を共に進める者として位置付けており、担当課として組織の業務として取り組むこととした点などが特徴になります。

SciREX第３期の2021年度から「共進化実現プログラム・第２フェーズ」が、これまでの経験を踏まえて運営に改善を加え、実施されました。また、SciREXセンターがプログラムの運営に協力しました。2023年度からはこれまでの運営方式を継承して「共進化実現プログラム・第３フェーズ」が行われました。

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